Durante las diez temporadas que estuvo unido al Real Madrid como centrocampista izquierdo no logró conseguir ningún título de Liga, sin embargo, Juan Antonio Ipiña es recordado como el primer capitán del equipo blanco. Formó parte de una línea del centro del campo que haría historia en el fútbol de los años treinta y cuarenta junto a Sauto y Huete. La Guerra Civil marcó su fichaje, convirtiéndole en la estrella de un equipo en reconstrucción.
Cuando Ipiña nació en la localidad vizcaína de Ortuella, el Real Madrid ya tenía seis años de vida. Sexto de siete hermanos, pudo estudiar hasta los catorce años, cuando comenzó a trabajar en la compañía minera de Ortuella. Juan Antonio Ipiña fue un apasionado del deporte desde temprana edad, y aprovechaba cada descanso para practicar atletismo, pelota de mano, y sobre todo, fútbol.
El equipo de pueblo natal, el Ortuella, fue el primer equipo de Ipiña, después llegó el San Vicente de Baracaldo, y por el Erandio. Pronto empieza a destacar en el fútbol del norte, y la Real Sociedad se fija en él. En la temporada 1933-34, debuta con la camiseta donostiarra, logrando ocho goles. Dos temporadas después, su buen hacer con la Real, le lleva al Atlético de Madrid, donde comienza su proyección nacional. Juega 22 partidos con los rojiblancos, y cuando mejor empiezan a darse las cosas para Ipiña, llegó la Guerra Civil.
Poderoso interior con gran técnica y mucha fortaleza llegó al Real Madrid en un periodo de reconstrucción. Tras la tragedia de la Guerra Civil española, las esperanzas del fútbol español se desvanecieron, y tuvieron que transcurrir tres años hasta que de nuevo comenzara la actividad. Ipiña se incorporó a un Real Madrid en el que tan sólo permanecían cuatro futbolistas: Lecue, Sauto, Bonet y Quincoces. Las condiciones económicas del Club no permitían grandes desembolsos aunque Ipiña, fue una excepción. Una apuesta de futuro.
En la temporada 1939-40 llega al Real Madrid, equipo en el que permaneció diez temporadas y donde colgó las botas. Diez años en los que no consiguió ningún título de Liga, aunque hasta en dos ocasiones estuvo cerca de lograrlo. Si triunfó en la Copa de España, galardón que alzó dos veces (1946 y 1947). Ipiña pasó por todas las categorías de la plantilla del Real Madrid, hasta colgarse los galones de capitán, función que desempeñó tanto dentro como fuera del campo. El 30 de junio de 1949, Juan Antonio Ipiña cerró una fructífera etapa de diez años en el Real Madrid.
Fue 6 veces internacional con la Selección española de fútbol. Debutó con la selección en Madrid el 19 de enero de 1936 contra Austria.
Sin duda, la característica que más destacó de Ipiña fue su excelente técnica y habilidad con el balón. De gran fortaleza física, Ipiña fue poco a poco retrasando su posición en el campo en función de las necesidades de su equipo. Destacó por su entrega en el terreno de juego en cada encuentro que disputó con la elástica blanca.